Hübner zählt zu den Mitinitiatoren des Wöhlerdenkmals. Er sammelte u.a. unter den Kollegen Spenden und nutzte die Kontakte seines Vaters Julius Hübner, Direktor der Dresdner Gemäldegalerie und Professor an der Kunstakademie Dresden, um geeignete Bildhauer dem künftigen Comitee vorzuschlagen. Dieses gründete sich im Jahr nach seinem Tode, um 1886 letztendlich einen Wettbewerb zur Errichtung eines Denkmals auszuschreiben. 1890 wurde das Denkmal vor dem Alten Auditorium enthüllt. Heute steht es in der Hospitalstraße, in der Nähe des historischen Chemischen Laboratoriums, Wöhlers langjähriger Forschungs- und Wirkungsstätte. Das Pflaster davor zeigt die Strukturformel des Harnstoffs.
Erhalten hat sich eine der Spenderlisten von Hübner nebst einer Quittung über die Einzahlung an die Deutsche Chemische Gesellschaft, die ihn unmittelbar vor Hübners Tod erreichte.
